最新型航空機がアルプスで墜落し、乗客・乗務員全員が死亡。事故機のボイスレコーダー（通称“ブラックボックス”）の調査に取り掛かった音声分析官のポロックが謎の失踪を遂げる。引き継いだマチューは、ある音声を聞き分け、テロと推測。マチューの分析は高く評価され、本格的な捜査に乗り出すが、犠牲者が事故直前に残した留守電によって、すべてが覆される。マチューのキャリアと命をかけた危険な探求が始まる。