2011年、東日本大震災直後の東京。被害を伝えるテレビのニュースを見続けたキョウコは、置き手紙をのこして夫の小村の元から姿を消した。突然の失踪に呆然とする小村は、図らずも中身の知れない小箱を同僚の妹に届けるために北海道へと向かうことになる。同じ頃のある晩、小村の同僚の片桐が家に帰ると、そこには２メートルもの巨大な“かえるくん”が彼を待ち受けていて……。村上春樹原作で初のアニメ映画化。6つの短編を翻案して描く。